我院科研团队发表了一个原始柑橘类型-“兴安野橘” 的染色体基因组测序组装成果

近日，我院柑橘种质创新与利用团队邓崇岭研究员课题组在二区期刊《Scientific Data》（IF2024=6.9）发表题为“A high-quality chromosome-scale genome assembly of Xingan mandarin (Citrus reticulata ‘Xingan’), a primitive Mandarin type”的研究论文。

兴安野橘，别名猫儿山野橘。2013年12月广西特色作物研究院邓崇岭团队首次在广西境内南岭山脉的越城岭主峰猫儿山发现的野生宽皮柑橘资源，团队对其进行了引种和异地保存，种植于广西柑橘种质资源圃（桂林）。主要性状：常绿小乔木，树势中等，树冠扁圆形，1号株树高7.45m，干周74.0 cm ；枝梢细密，有刺。叶片长椭圆形，叶尖渐尖，有凹口，基部楔形，春梢叶片长5.4 cm，宽2.4 cm；翼叶线形。花着生状态为单生，腋顶兼生，花瓣白色，花瓣长1.2 cm，宽0.46 cm，开张度2.3 cm；花粉量多，花丝联合，花柱直立。果实扁圆形，纵径3.28 cm，横径4.55 cm，平均单果重37.56 g；果皮黄色，粗糙，油胞大，明显凸起，果皮厚0.22 cm，剥皮较容易；果肉橙黄色，中心柱空虚；囊瓣数8～10瓣。果汁率49.75 %，可食率61.08 %，每100 mL果汁中平均含：维生素C 33.60 mg，可滴定酸8.00 mg，全糖5.19 mg；可溶性固形物8.50%，固酸比平均1.06，味极酸。种子数平均为11粒，种子近球形，子叶绿色。

图1 兴安野橘的园艺性状及基因组特征

本研究对兴安野橘进行了染色体基因组组装，基因组组装的总大小为325.12Mb，杂合率约1.42%，重复序列含量约35.22%。contig N50和scaffold N50的大小分别为29.32 Mb和29.62 Mb。约93.08 %的组装序列与9个染色体进行了比对，共有30,581个蛋白质编码基因、166个miRNA、415个tRNA、728个rRNA、325个snRNA和659个snoRNA。其中27,242个基因的功能得以预测，占总蛋白质编码基因的89.08%。

图2 K值分布图

图3 Hi-C互作热图

本研究表明，兴安野橘和莽山野橘之间具有高度的基因组共线性，说明两者之间的遗传相似性。同时，经过多年的试验研究，发现兴安野橘对柑橘黄龙病比较耐病，是新发现的黄龙病耐病资源。因此，兴安野橘染色体水平基因组的发表具有重要意义，为该物种的分子研究奠定了不可或缺的基础，将促进柑橘属内比较基因组学及耐病等功能基因发掘的进一步研究。

广西特色作物研究院邓崇岭研究员为该论文的第一作者和通讯作者，武晓晓高级农艺师为共同第一作者，唐艳、方海猛、陈传武、刘萍、冯静、刘升球和郭小强参与了研究。该研究得到了广西科技重大专项（桂科AA22068092）和国家自然科学基金（U23A20198）等项目的资助。

论文链接：https://doi.org/10.1038/s41597-025-05577-6

（作者：武晓晓/文、图）